En Allemagne, l'EuroVelo 12 - Véloroute de la Mer du Nord traverse les régions de Basse-Saxe, Brême, Hambourg et Schleswig-Holstein.
En Basse-Saxe, la Véloroute de la mer du Nord longe les côtes de la mer du Nord en passant par Emden et Bremerhaven, avant d'atteindre Hambourg. Le parc national de la Mer des Wadden de Basse-Saxe se trouve non loin de la côte et fait partie de la Mer des Wadden, déclarée patrimoine mondial par l'UNESCO en 2009. Cette zone s'étend le long des côtes néerlandaises et allemandes de la mer du Nord et offre un habitat unique à des nombreuses espèces de plantes et d'animaux. Le patrimoine mondial de l'UNESCO que sont la Speicherstadt et le district de Kontorhaus avec le bâtiment du Chilehaus vous attendent dans la ville hanséatique de Hambourg.
A partir de Hambourg, la route continue via Wedel, Uetersen et Glückstadt le long de l'Elbe et ensuite jusqu'à Brunsbüttel. Après avoir traversé le canal Mer du Nord-Mer Baltique vous suivrez le tracé de la Véloroute de la mer du Nord via Dithmarschen jusqu'à Husum, ensuite autour de la presque-île de Nordstrand, à travers le parc national de la Mer des Wadden de Basse-Saxe et se termine à Klanxbüll, à la frontière avec le Danemark.
L'EuroVelo 12 fait également partie du réseau national de pistes cyclables longue distance en Allemagne sous le nom de D-Route 1 et 6.