L'étape le long de la Mer Baltique est peut-être relativement courte au vu de l'EuroVelo 13 dans son ensemble, mais elle offre une variété remarquable de paysages, de cultures et d'histoires, ainsi que la possibilité de découvrir trois pays (et deux capitales) en peu de temps. Bien qu'aucun mur ou clôture n'ait été construit le long de ce tronçon pendant la guerre froide, de vastes zones côtières étaient inaccessibles pour des raisons militaires et n'ont été réouvertes qu'au cours des dernières années. En effet, l'itinéraire s'en tient en grande partie au littoral attrayant de ces pays et on y retrouve de nombreux témoignages de la période de la guerre froide, notamment des équipements radar, des sites militaires et des mémoriaux. Des ferries vous emmèneront sur les îles de Hiiumaa, Saaremaa et Muhu, puis retour sur le continent vers la ville balnéaire de Virtsu.